Разворачиваете modx чистый и переносите туда сайт: чанки, сниппеты, шаблоны, контент. Обратите пристальное внимание: сайт был небольшой, поэтому такое решение было целесообразно. Вот сюда загляните https://modxclub.ru/topics/virus-pronik-na-modx-sayt.-v-papke-assets-v-modx-unichtozheny-vse-skripty.reshenie..html

Как понять ручной перенос, куда его переносить?

Сталкивался. Это последствия вируса и его лечения. Я выходил ручным переносом сайта, так как сайт был не большим и перестраховывался. Думаю, что есть и более элегантные решения.

Судя по количеству запросов из метрики, есть еще такие "счастливчики"

Пожалуй да: если только сейчас проблема замечена, то - вилы)

Боюсь, что сейчас уже не будет такого богатого выбора)))

Я не про то: просто может возникнуть ситуация, когда есть выбор 19 или 17 взять версию и может помочь сделать правильный выбор. Плюс к тому может быть кто-то столкнулся с более ранними сложностями и скорректирует критическую дату.

Ну, я не гугл, могу на пару дней ошибиться :) К тому же так и написал "в те дни", то есть погрешность допускалась. В любом случае, спасибо за корректировку!

Про дату: у меня самый ранний проблемный бэк был 18 июля 2018.

Саша, ты все-то секреты коммерческие сразу не выдавай))