Разворачиваете modx чистый и переносите туда сайт: чанки, сниппеты, шаблоны, контент. Обратите пристальное внимание: сайт был небольшой, поэтому такое решение было целесообразно. Вот сюда загляните https://modxclub.ru/topics/virus-pronik-na-modx-sayt.-v-papke-assets-v-modx-unichtozheny-vse-skripty.reshenie..html