Я думаю, много уже кто выполнял SQL-запросы через $modx->newQuery(), ->prepare(), ->execute(); Но далеко не все знают, что таким образом можно выполнять не только SELECT-запросы, но и UPDATE и DELETE. Для этого существуют методы xPDOQuery::command() и xPDOQuery::set().

Метод xPDOQuery::command() по умолчанию устанавливает тип запроса SELECT, но как видите, может и другие типы устанавливать.

public function command($command= 'SELECT') {
	$command= strtoupper(trim($command));
	if (preg_match('/(SELECT|UPDATE|DELETE)/', $command)) {
		$this->query['command']= $command;
		if (in_array($command, array('DELETE','UPDATE'))) $this->_alias= $this->xpdo->getTableName($this->_class);
	}
	return $this;
}

Приведу небольшой пример запроса:

$c = $modx->newQuery('modResource');
$c->command('update');
$c->set(array(
	'hidemenu' => 1 
));
$c->where(array(
	'parent' => 11, 
));
$c->prepare();
// print $c->toSQL();
$c->stmt->execute();

Конечный SQL-запрос этого скрипта:

UPDATE `modx_site_content` SET `hidemenu` = 1 WHERE `modx_site_content`.`parent` = 11

Как видите, у нас здесь и условия поиска, и установка новых значений есть. Само собой можно и более сложные запросы набросать.

Второй вопрос — отладка таких запросов. Ведь при выполнении таких запросов при ошибках на уровне базы данных вы просто ничего не увидите. Здесь требуются дополнительные движения.

В первую очередь надо учесть, что при выполнении метода $c->prepare() мы получаем объект PDOStatement (как результат выполнения метода xPDO::prepare())

/**
* @see http://php.net/manual/en/function.pdo-prepare.php
*/
public function prepare($statement, $driver_options= array ()) {
    if (!$this->connect()) {
        return false;
    }
    return $this->pdo->prepare($statement, $driver_options= array ());
}

Соответственно и работать надо именно с этим объектом и на уровне его методов. (собственно, это и происходит, когда мы выполняем $c->stmt->execute(), $c->stmt->fetchAll() и т.п.). И для вывода ошибок нам и нужно работать с этим объектом. К примеру, чтобы получить информацию о возникших SQL-ошибках, можно выполнить print_r($c->stmt->errorInfo());