2.2.8 - это уж совсем старо. Обновитесь до 2.2.15
2.2.8 можно поломать запросто, там критические уязвимости.
Под 2.3+ пока не адаптировались, там много перемен без обратной совместимости. Пока что на 2.2+ ставьте.
Обновлять надо не сборку, а сам MODX. Если вы ничего в ядре MODX-а не трогали, то вы ничего не потеряете. В любом случае, здесь и всегда, прежде чем что-то серьезное на сайте делать, надо бекапы делать. А так загружаете новую установку MODX-а, копируете из нее все папки (включая setup) с перезаписью на сайт, заходите на ваш_сайт/setup/ и выполняете установку MODX-а в режиме обновления. Смотрите в сети полно информации про обновление MODX-а.
Там вместо пунктов меню выдаются вот такие ошибки: Failed to load resource: the server responded with a status of 404 (Not Found) http://myshop.ops/manager/components/basket/js/widgets/orders/orderstatus.combo.js?v=231pl
Failed to load resource: the server responded with a status of 404 (Not Found) http://myshop.ops/manager/components/basket/css/style.css
В 2.3+ сильно переработаны контроллеры MODX-а и система Действий (пунктов меню). Раньше были отдельно Действия и отдельно Пункты меню, в которых указывался ID выполняемого Действия (а в Действии в свою очередь прописывался путь к выполняемому контроллеру). А сейчас у них просто есть Пункт меню, в которых прописываются пути к контроллерам. В общем, сейчас основная проблема в том, что побиты пути к контроллерам.
А вот это скорее всего просто не полностью сборка развернулась, так как этот файл там точно есть. Я вот тоже развернул на 2.3.1, и там этот файл есть и он не потерян.