Наклонные кавычки надо заменить на обычные. То есть в вашем случае получится так:
 
{block name="sub_menu"}
        {snippet name="pdoMenu" assign="navdata" params=[
                'parents'   => $modx->resource->parent,
                'level'     => 1,
                'where' => {"isfolder": "1"}
        ]}
        {if $navdata}<nav class="sub-menu">{$navdata}</nav>{/if}
{/block}
Можно вообще вот так записать, так как с массивом удобней работать:
 
{block name="sub_menu"}
        {snippet name="pdoMenu" assign="navdata" params=[
                'parents'   => $modx->resource->parent,
                'level'     => 1,
                'where' => json_encode([
                    "isfolder" => 1
                ])
        ]}
        {if $navdata}<nav class="sub-menu">{$navdata}</nav>{/if}
{/block}
Но вообще я бы вот так написал:
 
{block name="sub_menu"}
        {if $navdata = $modx->runSnippet("pdoMenu", [
                'parents'   => $modx->resource->parent,
                'level'     => 1,
                'where' => json_encode([
                    "isfolder" => 1
                ])
        ])}
            <nav class="sub-menu">{$navdata}</nav>
        {/if}
{/block}

Вывод меню в шаблоне сделан следующим образом:
 
{block name="sub_menu"}
	{snippet name="pdoMenu" assign="navdata" params=[
		'parents'   => $modx->resource->parent,
		'level'     => 1
	]}
	{if $navdata}<nav class="sub-menu">{$navdata}</nav>{/if}
{/block}
Как правильно добавить
 
&where=`{"isfolder": "1"}`
?

Отдаем пользователю www-data(то есть на изменения через браузер) права

Полностью солидарен. Действительно такое может быть только из-за недостатка прав

Смотреть логи надо (MODX-логи и php-логи). Или вообще хостинг менять. Логично же, что если у всех устанавливается, а у вас нет, то какие-то индивидуальные проблемы непосредственно у вас. 
 Запустите переустановку миги и сюда опубликуйте лог установки (он в окне установки выводится). Наверняка там какая-то ругань присутствует.

sudo chown www-data: директория-с-сайтом/ -R
 Или ACE установите.