<< Проект запустился и показывет ровно, что и должен, но изменеия не воспринимается и вообще ругается GraphQL на незнакомые type Beer, Place и так далее.
Видимо где-то осталась старая схема базовая. Не подскажешь, как перегенерировать?

Если показывает, что надо, значит так и есть.
GraphQL не знакомые типы - это, я так понимаю, в VSCode? Расширение? Практически всем GraphQL-расширениям надо указывать путь к схеме. Иначе откуда они узнают о типах?
Смотри доку своего расширения и укажи путь до схемы src/modules/gql/generated/schema.json
Или пока забей, пока я не выберу какое-то боле менее популярное расширение и не напишу доку.

А в целом по поводу схемы и базы: выполнить надо 3 шага:
1. Убедиться, что есть файл .env и в нем прописан корректный адрес API-шлюза
В твоем случае это
API_ENDPOINT=https://pivkarta.ru/api/

2. Выполни генерацию типов
yarn generate:types
Должно быть так:
NODE_PATH=. ts-node -P tsconfig.server.json src/modules/gql/cli/generateTypes/run
✔ Parse configuration
✔ Generate outputs
✔ Parse configuration
✔ Generate outputs
✔ Parse configuration
✔ Generate outputs
(Если проект пустой и еще нет в проекте пользовательских graphql-запросов, то будет только 4 строчки)

3. Проверь TS-типы
yarn types
Тут просто не должно быть ошибок, результат типа такого:
yarn types yarn run v1.22.5 $ tsc --pretty --noEmit Done in 7.59s.
Если все эти шаги ОК, значит все ОК.