>> Так я и делал clone https://github.com/freecode-academy/freecode.academy отсюда в новую папку. Как он его умудрился зацепить это же другой проект?
Олег, просто так ничего не бывает. Скорее всего ты пытался это сделать, но получил ошибку от гита типа "Не могу создать, папка уже есть" или типа того. Ты проигнорил и дальше стал работать в этой папке.
Выполни
history | grep freecode
и проверь какие ты последние команды выполнял и было ли там что.