Разворачиваете modx чистый и переносите туда сайт: чанки, сниппеты, шаблоны, контент. Дима, это слишком радикально будет. Сносить файлы на текущем сайте и обновлять на нем MODX, и переносить все на новый сайт - это совсем не одно и то же.