file_get_contents - это функция, которая выводит л

file_get_contents - это функция, которая выводит либо содержимое файла (если указан путь к файлу), либо ответ запроса (да, через нее можно выполнять запросы к другим сайтам, хотя название на это не намекает).

Вам просто надо полученный ответ присвоить переменной и далее уже с этим работать. Вы можете в админке установить компонент Console и в нем выполнить, например:

<?php
$url = 'https://api-metrika.yandex.ru/stat/v1/data';

$params = [
    'ids'         => 'НОМЕР_СЧЕТЧИКА',
    'oauth_token' => 'ТОКЕН',
    'metrics'     => 'ym:s:visits'
];

$response = file_get_contents( $url . '?' . http_build_query($params) );

$decoded = json_decode($response);

print "<pre>";
print_r($decoded);
print "</pre>";

print "<br />query:" + $decoded['query'];