Дима, нашел еще одну заразу: mlocate
Вот здесь пишут как чистить: https://askubuntu.com/a/117213
То есть сначала удаляем старые файлы баз
# Именно вот так, со знаками вопроса в конце (это маска Любой символ)
sudo rm -f /var/lib/mlocate/mlocate.db.??????
Затем на всякий случай выполняем крон-службу (она может выполняться долго, запусти и оставь где-нибудь в фоне, пусть работает).
sudo /etc/cron.daily/mlocate
UPD: Кстати, чтобы сразу оценить есть ли смысл чистить, можно выполнить это:
du -hs /var/lib/mlocate/mlocate.db.??????
Найдет все файлы по маске и покажет их список с подсчетом занятого на диске места.