И еще в меню админки 3 компонента, а в assets/components их 8
Компоненты в core/components/ и в меню не имеют прямой связи. Меню рулится через управление менюхой (Система->Действия). Опять-таки, это общий вопрос по системе, потому такие вещи или гуглим, или пишем общий топик-вопрос.
шаблон bootstrap находится в сборке тут assets/components/modxsite/templates/bootstrap. Как назначить этот шаблон страницам сайта?
Это в системной настройке в modxSmarty надо указывать название шаблона. В данном случае bootstrap, хотя там по-моему он изначально и установлен. Но правильно делать копию шаблона и указывать в настройке уже свой шаблон. В видюхе про сборку магазина это подробно демонстрируется.