Здравствуйте.

Я так понимаю, у вас товары появились не из импорта? То есть товары уже есть на сайте, и вы решили к этому прикрутить modImporter?

Смотрите, вот файл для примера: https://gist.github.com/Fi1osof/5e8cc4fb684c474db87f#file-processor-class-php-L184

В нем два важных метода:
1. StepWriteTmpGoods (это первичная запись данных товаров в таблицу).
2. StepImportUpdateGoods (непосредственно обновление товаров).

Есть еще StepImportCreateGoods (создание товаров), вот его вы можете использовать для записи в лог каких товаров нет в БД, так как в момент вызова этого метода во временной таблице останутся только необновленные товары (то есть для которых нет товаров на сайте).

Теперь к сути: у вас в качестве ключа используется 1С-артикул, но по умолчанию modMonitor использует externalKey. Тем не менее, это совсем не проблема, externalKey ему не обязателен, связка товаров может быть реализована по любой кастомной логике. В вашем случае, для начала, надо артикул записать в качестве externalKey во временную таблицу (на уровне метода StepWriteTmpGoods). Смотрите, в StepImportUpdateGoods есть данные артикула.
$article = $raw_data['Артикул']; $pagetitle = $tmp_object->tmp_title; $alias = "{$pagetitle}"; $data = array( "class_key" => 'msProduct', "published" => 1, "isfolder" => 0, "template" => $good_template_id, "parent" => $tmp_object->parent, "externalKey" => $tmp_object->tmp_external_key, "article" => $article, "pagetitle" => $pagetitle, "alias" => $alias, "content" => !empty($raw_data['Описание']) ? $raw_data['Описание'] : '', "vendor" => $tmp_object->vendor_id, );
В методе StepWriteTmpGoods надо просто заменить строчку
$id = (string)$xml->Ид;
на
$id = (string)$xml->Артикул;
Таким образом во временной таблице у вас в качестве ключа будет на 1С-ключ системный, а Артикул.

А в методе StepWriteTmpGoods надо заменить строчку
$q->innerJoin("modResource", "resource", "resource.template = {$good_template_id} AND resource.externalKey = {$alias}.tmp_external_key");
на
/* Этот код надо перепроверить. Назначение - поиск минишоп-товара по артикулу. */ $q->innerJoin("msProductData", "ProductData", "ProductData.article = {$alias}.tmp_external_key"); $q->innerJoin("modResource", "resource", "resource.id = ProductData.id;
В итоге у вас должно происходить обновление товаров по артикулу, а не 1С-ключу. Конечно, все это вам для примера, и придется покопаться с кодом, но повторюсь, проблемы в целом нет никакой, задача вполне реализуемая.

P.S. Вопрос еще в формате импорта. У вас XML-файл или что?