Modx revo вывезет 350 000 товаров, если использовать collections?

Потому что это слишком большой объем информации как для MODX-а, так и для шопкипера, который сначала пытается получить массив всех родителей, а потом документов внутри их. Советую просто отказаться от этой затеи.