Наклонные кавычки надо заменить на обычные. То ест

Наклонные кавычки надо заменить на обычные. То есть в вашем случае получится так:
 
{block name="sub_menu"}
        {snippet name="pdoMenu" assign="navdata" params=[
                'parents'   => $modx->resource->parent,
                'level'     => 1,
                'where' => {"isfolder": "1"}
        ]}
        {if $navdata}<nav class="sub-menu">{$navdata}</nav>{/if}
{/block}
Можно вообще вот так записать, так как с массивом удобней работать:
 
{block name="sub_menu"}
        {snippet name="pdoMenu" assign="navdata" params=[
                'parents'   => $modx->resource->parent,
                'level'     => 1,
                'where' => json_encode([
                    "isfolder" => 1
                ])
        ]}
        {if $navdata}<nav class="sub-menu">{$navdata}</nav>{/if}
{/block}
Но вообще я бы вот так написал:
 
{block name="sub_menu"}
        {if $navdata = $modx->runSnippet("pdoMenu", [
                'parents'   => $modx->resource->parent,
                'level'     => 1,
                'where' => json_encode([
                    "isfolder" => 1
                ])
        ])}
            <nav class="sub-menu">{$navdata}</nav>
        {/if}
{/block}