В любом случае, у вас есть какая-то точка сохранения. Если это плагин — значит надо просто передать в вызов нужные данные. Если у вас отдельный интерфейс на все это, в любом случае, у вас есть и коннекторы/процессоры на прием данных и выполение логики, а значит в импортере выполняется вызов этих процессоров. Самый плохой вариант, который встречался в моей практике — это использование магазином компонента, который не имел процессоров на создание данных для нового объекта. То есть там по логике сначала создается документ обычным способом и для него сразу создаются записи-остатки с нулевыми значениями, а потом остатки обновляются через отдельный интерфейс, при чем надо указывать не только id документа, но и id конкретной записи-остатка, передавая туда и конечное значение остатка. Вот тут уже пришлось работать с объектами напрямую. Но это крайне редкий случай. В большинстве своем достаточно вызова процессора с передачей всех необходимых данных.