Судя по всему просто дело в правах на файлы. На одном сайте поигрались, перенесли на другой (вместе с кешем старого сайта). assets/commponents/phpthumbof/cache, к слову, на то и называется cache, что не является рабочей папкой, а папка для уже конечного результата, потому в одном с ней контексте говорить «все картинки, которые использовались в этом дополнении улетели» не совсем корректно. Это сайт работал с уже имеющимися в ней картинками, а вот phpthumbof уже ничего не мог с этой папкой делать (опять-таки, судя по всему из-за отсутствия прав). Потому когда вы их удалили, phpthumbof не смог ничего в эту папку записать.
То же самое и с УРЛами. Что-то смогло закешироваться, а что-то нет. Когда вы перенесли обратно на первый сайт, перенесли с кешем второго сайта. «Кэш чистил» — опять-таки: как чистили? Через админку? Админка ничего не скажет, если не сможет какие-то файлы кеша удалить при сбросе. Она только скажет «кеш очищен», но был ли он очищен или нет — знать не будете. Только физическое удаление папки core/cache по ftp или ssh (когда вы видите, что папка удалилась) гарантирует вам, что он удален (в случае, если используется дефолтный кеш-провайдер). А так, если у вас кеш-файлы со старого сайта остались, не удивительно, что с УРЛами фигня получилась.
В общем, не гарантия на все это, но скорее всего именно так.