Вопрос: а что это за скрипты? Логично предположить, что это те, которые получаются в случае, если сжатие скриптов включено (настройка compress_js), и это работает только для бэкэнда. Если эта настройка отключена, то сжатие всех скриптов должно быть только на совести самого сервера.