Делайте бекап сайта и обновляйтесь (устанавливайте

Делайте бекап сайта и обновляйтесь (устанавливайте MODX в режиме обновления). проблем не должно возникнуть никаких (если в ядро не лезли). Лучше сразу до 2.3.6 обновляться, но 2.4.0-2.4.1 не стоит.