Изучив описание к Вашему компонента ShopModx1C, я так понял — он как-то напрямую работает с 1С используя родной 1С-овский механизм, что не совсем подходит для нас.
Вы неправильно поняли. Выгружает 1С на сайт, а не сайт работает с 1С. И если вы формируете выгрузку на стороне 1С со своими условиями, в результате чего формируется XML, тот же самый XML и на сайт выгружался бы.
Подскажите, какие у нас есть варианты?
Либо писать свой код с нуля, как вы уже начали делать. Либо допиливать под себя ShopModx1C. Либо еще что-то придумать. У меня нет никакого другого готового рецепта для вас.