Например, в меню ссылка на контакты ВСЕГДА указывает на контакты из контекста web.
Это особенность метода $modx->makeUr(). Попробуй в консоли не в контексте web выполнить print $modx->makeUrl($id), где $id — id документа из контекста web и не равен 1. Получишь что-то типа такого:
[2015-08-26 19:31:30] (WARN @ /manager/components/console/connectors/console.php) `5` was requested but no alias was located. http://*********/news/
Это же будет в случае вывода тегов [[~id]], использования сниппета Wayfinder и т.п. По этой причине я в таких случаях использовал menu-процессор и выводил $object->uri.