Например, в меню ссылка на контакты ВСЕГДА указыва

Aug 26, 2015

Например, в меню ссылка на контакты ВСЕГДА указывает на контакты из контекста web.

Это особенность метода $modx->makeUr(). Попробуй в консоли не в контексте web выполнить print$ modx->makeUrl( $id), где$ id — id документа из контекста web и не равен 1. Получишь что-то типа такого:

[2015-08-26 19:31:30] (WARN @ /manager/components/console/connectors/console.php)
`5` was requested but no alias was located.
http://*********/news/

Это же будет в случае вывода тегов [[~id]], использования сниппета Wayfinder и т.п. По этой причине я в таких случаях использовал menu-процессор и выводил $object->uri.