3.Описание индексов новых полей в (modx->map) не помещаю, т.к. индексы xpdo нужны только для генерации таблиц в БД (или нужны для чего-то ещё ?)
Нужны только для генерации. Но если вдруг будете потом на основе мапы таблицу создавать, то конечно же они понадобятся.