Был бы благодарен, если бы подсказали как использо

Был бы благодарен, если бы подсказали как использовать лексиконы в modxSmarty?

Так же как и без modxSmarty.

По сабжу: ставьте пакет modxSite. Там с ним идет правильный контроллер. Вы все правильно сделали, но давно уже идет новая версия самого Smarty, и там для него надо дополнительно указывать переменные чтобы он форсировал перекомпилляцию. Это как раз и учтено в контроллере.