Логично, что чем больше данных в конструкции IN, тем сложнее запрос. Но вряд ли для каждого значения он проверяет все индексы. В любом случае, мы уже выяснили, что указывать конкретный индекс — это правильно и производительность выше. Будем посмотреть как время появится. Сейчас просто совсем некогда.