Вот некогда особо вчитываться, хотя топик интересный. Я думаю, вас спасет один простенький финт: в PHP-условиях отказаться от ассоциативных массивов, а писать просто

$q->where(array(
    "моя длинная строка-запрос вместе с > и т.п.",
));

Тогда xPDO не будет парсить эту строку и манипулировать с ней.