Советую изучить вот это. Там показано как правильно переопределять оформление за счет расширяющих скинов.
но при этом какой-то разницы в скорости работы я не увидел.
А на чем разницу смотреть? Во-первых, сайт вообще пустой. Во-вторых, вызывая через [[smarty? &tpl=`index.tpl`]] практически ничего не меняется, используется родной механизм MODX-а.
Вот мы сейчас выполняли нагрузочное тестирование нашего нового новостного портала на 75 000 пользователей, 2000 пользователей онлайн фигачили, и кратко результаты такие (более подробный отчет я позже напишу, когда мне вышлют логи теста): 43+ тысячи запросов на сервер и только восемь ошибок было. Ни один ответ не превысил секунды. Переведите это на стандартные MODX-теги, и уверяю, разница в скорости будет ощущаться.
А теперь сам вопрос — всё ли я делаю правильно?
Если все работает как вы хотите, вероятно все правильно. Если нет — то нет.