У вас там в .htaccess два правила: #Rewrite secure

У вас там в .htaccess два правила:

#Rewrite secure requests properly to prevent SSL cert warnings, e.g. prevent 
#https://www.jinini.com when your cert only allows https://secure.jinini.com
RewriteCond %{SERVER_PORT} !^443
RewriteRule (.*) https://jinini.com/$1 [R=301,L]

# The Friendly URLs part
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php?q=$1 [L,QSA]

Есть предположение, что они срабатывают в следующей очередности (даже не предположение, а уже проверенный факт):

  1. Так как файл не найден, УРЛ подменяется на index.php?q=УРЛ
  2. Так как не 443 порт, то выполняется уже редирект, но уже с измененным УРЛом.

Вот и вся магия. А почему не 443? Потому что тег base прописан http: