Появилась необходимость защитить сайт MODX от копирования, есть какие то мысли?

Скачает зашшифровванный сайт и будет нормально работать у него. Файлы конфигов только заменит.

Все верно. Если пользователь сможет исполнять свой PHP-код, он многое сможет сделать. Поэтому и говорит: пустили в админку — сайт отдали.