Вот и ответ: у вас шаблон расширяет основной шаблон самой сборки. А как я написал ниже, вложенность блоков в расширяющем шаблоне не играет роли особой. Переписав весь блок {block body} вы не перетираете особо имеющиеся вложенные блоки внутри главного шаблона. Попробуйте не ресширить [main]layout.tpl, а именно написать полностью свой layout.tpl, без расширения. Должно помочь.