У меня с этим проблемы. Ты мне писал про пути, но, что мне делать, когда мне нужен то один, то другой шаблон.
У меня есть подозрение, что ты пытаешься разные шаблоны раскидать по файлам base.tpl в разных папках? Это не правильно. Конечно будет материться. Ты для разных шаблонов разные файлы создавай (к примеру index.tpl и blog.tpl), но в одной папке. А в MODX-шаблонах меняй имя вызываемого Smarty-шаблона ( к примеру $smarty->fetch('index.tpl');)