Скорее всего никак. Все это дело на совести установщика. Да, я попробовал сейчас пересортировать менюшки и обновиться. Системные менюшки по-моему все встали обратно. Но вы можете перед обновлением сделать выгрузку таблицы действий, а после обновления затереть ее своим дампом, тогда ОК Будет. Да, не круто это, но что делать?