Сделай копию боевого сайта, обнови ShopModxBox на нем. Если все заработало — затри им боевой и все. Проблема точно не в ShopModxBox. Вот на днях появится кейс, как я прикручивал сборку к очередному магазину на шопкипере.

1. Установил пакет modxSite (он сразу тянет и настраивает phpTemplates, modxSmarty и т.п.).
2. Скачал все файлы сборки с гитхаба и закинул их на сайт (можно смело заливать их поверх на сторонний MODX-сайт, так как там с большой долей вероятности не будет конфликтных файлов).
3. Залил с копии сборки на сайта дамп биллинговых таблиц (modx_billing_).
4. Настроил валюты.
5. Прописал недостающие extension_packages.
6. Перенес шаблоны в Smarty и доработал.
7. Допилил механизм учета остатков.
8. Оптимизировал базу данных (там 40 000 товаров, 500 000 записей ТВшек).

Прочие мелочи докрутил. На все про все ушло 20 часов.