это безопасность (ограничение доступа к файлам в c

это безопасность (ограничение доступа к файлам в core)?

Да.

И я думал, файлы bootstrap-темы не являются серверными файлами (или являются?). И по идее их можно было кинуть в нашу директорию со скином на смарти.

файлы bootstrap-темы — да, не являются, и должны быть доступны извне. А вот Смарти-шаблоны и т.п. в папке core/, которая закрыта.