Странное дело. Там ничего такого не менялось, упаковывалось все так же, как и раньше. При чем что самое главное:
Attempting to preserve files at /home/aqq12163/public_html/new/man/components/modxsdk into archive /home/aqq12163/public_html/new/cor/packages/modxsdk-1.4.0-beta/modCategory/df4db8573791fd0c53cd618e94960d46.2.preserved.zip Adding ext package
Судя по всему, это не попытка распаковать транспортный zip-архив, а попытка упаковать имеющиеся файлы уже установленного ранее компонента. То есть когда MODX что-то устанавливает, если файлы уже есть, он их резервирует. Потом есть возможность откатить пакет. То есть совсем не факт, что проблемы именно в самом пакете.