меню с верху появляется пункт но при нажатии на него открывается только дерево документов

В общем, смотрите свои правила подмены УРЛов (нгинкс или что там у вас). Судя по всему все, кроме /manager/, форвардится на /index.php, из-за чего JS-скрипты компонентов не подгружаются.
 

FireBug вам в помощь (или типа того). joxi.ru/E2pv5o9fvOMXrY