1.
array(users)
Учитесь строковые переменные в ковычки брать, чтобы это строкой было, а не необъявленной константой.
2. excludeExtraTables — смотрите код vapor.php
На то они и ExtraTables, чтобы не быть таблицами ядра. Даже если вы правильно укажите имя таблицы, она не исключится, так как она в ядре, а не в дополнениях.
3. Если вы хотите исключить modUser, то надо удалять элементы массива с классами ядра.
/* Defines the classes to extract (also used for truncation) */ $classes= array (
Но, как я писал выше
такой тюнинг требует очень глубоких познаний MODX-а
Ведь есть связанные данные.
Еще раз: это для полного переноса сайта с перезаписью существующего.
Но если вам уж очень хочется перенести снимок, и только пользователей оставить существующих, то сделайте проще: сделайте бекап таблиц пользователей, их аттрибутов, групп и т.п. Потом накатите снимок, а затем затрите таблицы пользователей и их данные. То есть накатите пользователей поверх сайта. И будет вам счастье.