да и сам сайт в корне со скриптами.
То, что сам сайт в корне — это нормально (для сайта). А картинки желательно куда-нибудь в папку типа assets/images/ и там еще их хоть как-то по папочкам раскладывать. У вас же скоро в админке просто нельзя будет открыть файлманагер, браузер плакать будет.
А можно тв параметр вставить какой-нибудь? чтобы когда в товар заходишь врубаешь галочку и товар появляется или в новинках или в лидерах
Можно. Вставляете какой-нибудь ТВ-параметр (но желательно чекбокс, если уж хотите именно галочку ставить), заходите в товар, врубаете галочку, и товар появляется в новинках и в лидерах. Но важный момент — надо еще вывод с учетом этого ТВ-параметра спрограммировать.
P.S. А вы что думали, мы за вас все это сделаем? Цели вы ставите боле менее осознанные, то есть знаете что делать, но при этом не делаете, хотите чтобы вам тут выкатили четкий мануал на этот счет? Все описывалось 1000 раз, ничего сложного здесь нет, Гугл вам в помощь.