Да, в целом все ОК. Удалите через админку через файловый менеджер папку core/cache. Она конечно после обновления дерева файлов появится сразу же опять (но это потому что MODX ее сразу создаст), и если в ней количество папок уменьшилось (обычно их в процесс больше десятка создается, а после удаления штук пять создается), то с правами все ОК.