Как я не раз уже говорил много где, MODX не использует в своей работе XML-схему модели вообще никогда, то есть для него она что есть, что нету. Используется XML-схема только в случае, если на ее основе надо сгенерировать map-файлы. Как это работает, статья в помощь.
При работе же с CMPGenerator, у нас на выходе уже имеются готовые map-файлы и прочие классы, то есть дальше нам XML-схема вообще не нужна. Следовательно прописывать отношения нужно прям в map-файлах. Здесь уточню по вашему вопросу, что изменения в map-файлы учитываются сразу же, ибо MODX читает их при каждом обращении к нему (естественно один раз за запрос (include_once)).
И к слову сразу замечу конкретно по своей методике: таблицы часто имеют называния во множественном числе (к примеру, modx_users), при этом класс как правило имеет название в единственном числе modUser (соответственно и название файла moduser.class.php). А CMPGenerator название класса даст по названию таблицы, то есть modusers.class.php. Я это к тому, что все равно после первичной генерации модели приходится имена файлов и классов подправлять и далее они уже сопровождаются в ручном режиме. Единственное, что когда меняются структуры таблиц, то генеришь отдельный пакет (чтобы не перетирать рабочий) и описания колонок уже копипастишь из сгенеренной мапы в рабочую.