Смотри, ты устанавливаешь свою цену, но потом вызываешь parent::beforeSet(). А там: https://github.com/Fi1osof/ShopModxBox/blob/master/core/components/billing/processors/mgr/orders/products/create.class.php#L66. То есть опять устанавливается цена.
Или вызывает после parent::beforeSet(), или в beforeSave() переноси.