Но почему product_id отличается от id ресурса?

Потому что id ресурса - это как вы сами же и написали, id ресурса (класс modResource), а product_id - это id продукта (класс ShopmodxProduct). Смотрите его мап-файл. Его записи даже в другой таблице находятся, и почти 100% объектов продуктов меньше объектов документов количественно.