Сначала надо разобраться есть ли там массив вообще

Сначала надо разобраться есть ли там массив вообще, обрабатываются ли загруженные файлы и т.д. и т.п., а только потом уже смотреть сохраняется ли массив. И массив проверить просто

$data = array(.......);

$modx->user->Profile->set('extended', $data);

$modx->user->save();

И смотрим в БД. Там должна быть сериализованная строка.