Итак, [[+modx.user.id]] - это MODX-тег, а не PHP-п

Итак, [[+modx.user.id]] - это MODX-тег, а не PHP-переменная. Если разницы не видите - очень плохо. И это не является числом.

Уж если вы пытаетесь что-то в php делать, то и делайте средствами php, а не шаблонизации.

$id = $modx->user->id;

А уж если ооочень хочется плейсхолдер использовать, то

$id = $modx->placeholders['modx.user.id'];

или

$id = $modx->getPlaceholder('modx.user.id');