Просто там же все связано. Это если бы ты не плодил MODX-шаблоны (контроллеры), а в том, что есть, поменял бы base.tpl на свой, то еще ладно. А так у тебя одни документы с одним контроллером, другие с другим, файлы переименованы по своему — конечно он работать там не будет.