Вообще проще всего использовать процессор web/resources/getdata. Но если у вас задача перебрать большое количество товаров, то да, надо запрос делать на чистом xPDO. Но надо для этого четко понимать что есть что. ShopmodxResourceProduct — производный от modResource класс документа товара. ShopmodxProduct — дополнительный класс товара. По сути, чтобы получить только товары, надо в запросе таблицы этих объектов объединить джоином. Вот пример выборки:

$q = $modx->newQuery('modResource');
$q->innerJoin('ShopmodxProduct', 'Product');
$q->where(array(
    "deleted" => 0,
    "published" => 1,
));
$q->select(array(
    "modResource.*",
));
$s = $q->prepare();
$s->execute();
while($row = $s->fetch(PDO::FETCH_ASSOC)){
    // Ваш код
}