Попробуйте в директории /manager/ найти файл ht.ac

Попробуйте в директории /manager/ найти файл ht.access и переименовать его в .htaccess В этом файле написано «RewriteEngine Off» и по идее это должно отключить рерайты для данной папки.

Ну и пропишите rel=«canonical» на всех страницах, чтобы склеились быстрее.

А вообще если сайт рабочий и приносит деньги, я бы не особо заморачивался со структурой URL. Это все таки потребует склейку страниц и перенос авторитета на новые. Некоторые страницы могут выпасть из выдачи.