Так это само собой. Как у тебя будет отрабатываться навигация, если у тебя Смарти-шаблон не отрабатывается каждый раз? В данном же случае MODX сразу отдает кеш страницы, а там процессор не вызывается. Создай блок-шаблон с вызовом процессора, выыводом элементов, постраничности и т.п. (чисто динамика), затем создай сниппет, пропиши там вызов этого блок-шаблона return $modx->smarty->fetch($tpl); и вставь в шаблон его обычным MODX-овым некешируемым сниппетом [[!mySnippet]]. Тогда у тебя страница будет закеширована, но этот сниппет всегда будет отрабатываться, и постраничность будет работать.