Сортировку статей сделал как вы просили.
Из пунктов меню убрал конечные статья (просто ставите галочку «Не показывать в меню» и все. А в выводе статей я поставил галочку игнорировать этот пункт, так что не будут выводиться только удаленные либо не опубликованные ресурсы).
По поводу того, что не выводятся статьи в контейнерах. Сам по себе флаг Контейнер чаще всего никак не влияет на вывод. Как правило за оформление страницы отвечает шаблон документа. Надежный способ поправиться в таких случаях — посмотреть шаблон у схожих страниц. В вашем случае этот шаблон — «Статьи. Раздел». Шаблон я указал, вывод работает сейчас.