Установка и обновление MODX Revolution через консоль

Права для «все остальные» и т.п. — это дело уже самой операционной системы. Если не жалко, пришли в личку логины и пароли в админки двух сайтов на одном сервере, я посмотрю что у тебя там и как, и скажу точно изолированы они или нет.