Добрый день. Но все страницы кроме главной выдают

Добрый день.

Но все страницы кроме главной выдают «404 File not found»

Это просто у вас подмена УРЛов не работает. У вас локально наверняка Denwer или типа того (то есть связка на Апаче), в корне сайта лежит ht.access, переименуйте его в .htaccess и все должно заработать (этот файл в состав самого MODX-а входит, там правила для сервера прописаны, чтобы сервер запросы на ненайденные файлы перенаправлял на index.php, то есть самому MODX-у).

При установке бекапа появляется пара ошибок

Это не критичные ошибки. Просто я ему скормил readme-файл, а для него директории еще не существует. Потом подшаманю установочный.

Может можно отдельными пакетами установить?

Можно, но весьма проблематично. То есть там это все надо конфигурировать, а значит изучать все входящие в состав пакеты. Потолок вхождения сразу в несколько раз увеличивается. Но .htaccess включите, и этого вам наверняка не придется делать.

Я правильно понял, что modxsite — это готовый магазин, собранный на основе различных пакетов, в том числе phptemplates, modxsmarty, shopmodx. Именно modxsite добавляет страницы, пункт меню Магазин в админку и т.д?

Нет, не совсем. modxSite всего лишь создает один источник файлов и несколько папок для публичных и Смарти-шаблонов. И еще несколько базовых пакетов устанавливает. А вот все остальное (менюшки, настройки, группы пользователей, документы и т.п.) — это все vapor упаковывает. То есть это снимок сайта. Готовый снимок позволяет избежать необходимости качать все пакеты и настраивать ихх именно определенным способом. То есть я на базе этих пакетов собрал сборку магазина, сделал снимок и выложил этот пакет. Когда вы его устанавливаете, вы по сути разворачиваете копию моего сайта. Этих готовых сборок будет вскоре гораздо больше, и качество их будет выше.

Где можно скачать modxsite?

Его можно скачать в моем репозитории http://rest.modxstore.ru/extras/, то есть там же, где и магазин качали.