Дима, привет!

Как из-под докера запустить их инсталяцию?

Я ранее уже говорил, что можно выполнять произвольные команды docker exec -it {container_name} {command}

То есть в твоем случае что-то типа

docker exec -it pivkarta-2_1 yarn install

Но это сиюминутная мера. А правильней именно пересобирать контейнер.

docker-compose -f docker-compose.yml -f docker-compose.dev.yml up -d --build pivkarta.ru-2

Тогда все скопируется и установится по новой.

И еще одим момент: по какой причине git pull origin master может затягивать не последнюю версию

Никак. То есть он или стягивает, или не стягивает. Но опять-таки, у тебя скорее всего проблема в том, что в контейнере не все новые файлы. И это скорее всего решается опять-таки пересборкой контейнера.

Короче, выполни git log. Если у тебя локально все последние коммиты показывает, и git status не показывает никаких различий, значит локально у тебя все ОК и просто надо пересобрать контейнер.